本會創於民國三十年，即日據時代，成立萬里漁業協同組合，為本鄉第一個漁業團體，於民國三十二年改組為萬里漁業會。民國三十四年台灣光復，依照我國「漁業法」及「合作社法」之規定，將原有之「萬里漁業會」劃分為二個工作單位：（一）萬里鄉漁會，負責指導業務。（二）萬里漁業生產合作社辦理經濟事業。

嗣於民國三十九年六月，台灣省政府為簡化機構，統一漁業事權，將鄉漁會及生產合作社合併改組為萬里鄉漁會。

民國四十四年，政府鑒於全省漁會辦理情形欠善，乃頒佈「台灣省各級漁會改進辦法」，以加強漁會組織，發展漁業，改善漁民生活，繁榮漁村為首務，並改組為「萬里區漁會」迄今。

新北市萬里區位於台灣北海岸中段海岸線上，轄區內有萬里、龜吼、東澳及野柳等四漁港，近年來新北市政府以萬里蟹為品牌，推銷萬里蟹使萬里蟹的品牌成為國內甚至在對岸成為一個著名的品牌，大幅了提升漁民的收益，除此之外本區瑣管棒受網漁業、魩鱙漁業、一支釣漁業、觀光休閒漁業等都有相當的發展，為國人提供新鮮又多樣化的漁產品。

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