新北市保育區共計4處，除野柳保育區完全禁止採捕外，其餘萬里、瑞芳及貢寮等3處保育區可有限制採捕，採捕限制係針對龍蝦、海膽、九孔及珊瑚礁魚類等物種限制可採捕體長大小，石花菜及麒麟菜等藻類限制採捕期，大法螺、珊瑚及礁石則完全禁止採捕，另保育區內亦禁止使用潛水器材及網具採捕。
為加強保育漁業資源，新北市府已公告自110年1月1日起萬里、瑞芳及貢寮等3處保育區內龍蝦除原規定未滿20公分禁止採捕之外，增列每年3月1日至7月31日禁止採捕龍蝦。海膽除原規定不含刺殼長未滿8公分禁止採捕之外，增列每年9月1日至次年6月15日禁止採捕白棘三列海膽。九孔原規定未滿4公分者禁止採捕，調整為未滿5公分禁止採捕。
漁業處表示，海洋生物資源需要大家共同來維護，保育區最基本的功能，只是提供一個生物生息繁衍及棲息之處，更期待未來能夠從保育區外溢到附近海域，以補充海洋生物資源。
